Tras la conquista española, el proceso de Extirpación de Idolatrías buscó eliminar las formas de culto y creencias indígenas que pervivieron a la conquista. Éstas se mezclaron con los nuevos conceptos que vinieron de Europa, y bajo una nueva apariencia siguieron transmitiendo mensajes autóctonos. A este proceso se le conoce como Sincretismo.
Durante la colonia, los artistas andinos reinterpretaron la cultura proveniente de España. Asimilaron técnicas europeas, adaptándolas a recursos y prácticas indígenas. Los temas artísticos introducidos por los europeos se mezclaron con los temas ancestrales. Bajo apariencia cristiana, se siguieron plasmando los mitos y ritos andinos.
Hasta el día de hoy, es posible encontrar expresiones sincréticas en la cultura peruana, en fiestas populares y celebraciones religiosas.
El arte fue el medio visual para el ejercicio de la dominación ideológica y para la transmisión de los principales mensajes religiosos. Los ingenieros y constructores de pirámides pasarán a levantar iglesias. Los diestros escultores de cerámica comenzarán a tallar la madera para hacer imágenes católicas. Los pintores se iniciarán en las costumbres de las escuelas europeas para la elaboración de lienzos de temática cristiana.
Los lienzos pintados fueron el medio más importante para la catequización, y en ellos podemos ver cómo se plasmaron estas creencias sincréticas. Los dioses mayores andinos fueron sustituidos por la Santísima Trinidad, y los dioses menores, por los santos. La Virgen, la Pachamama para los indígenas, adopta la forma de Apu, cerro tutelar de las comunidades andinas, que eran huacas, o sitios sagrados. Los Arcángeles Arcabuceros fueron incorporados fácilmente a la imaginería religiosa, ya que eran comparables a las aves guerreras, antiguas divinidades andinas.
Junto al sincretismo religioso y artístico, también existió el político. La realeza inca fue reconocida por los reyes españoles a cambio de su fidelidad. La Capac Cuna, o lista oficial de gobernantes inca, fue reconstruida e incorporada como un antecedente al nuevo gobierno español en el territorio conquistado.