Depois da conquista espanhola, o processo de Extirpação das Idolatrias buscou eliminar as formas de culto e crenças indígenas que sobreviveram à conquista. Estas se misturaram com os novos conceitos que vieram da Europa, e baixo uma nova aparência seguiram transmitindo mensagens nativas. Esse processo se conhece como Sincretismo.
Durante a colônia, os artistas andinos reinterpretaram a cultura proveniente da Espanha. Assimilaram técnicas europeias, adaptando-as a recursos e práticas indígenas. Os temas artísticos introduzidos pelos europeus se misturaram com os temas ancestrais. Baixo uma aparência Cristiana, seguiu se plasmando os mitos e rituais andinos.
Até o dia de hoje, é possível encontrar expressões sincréticas na cultura peruana, em festas populares e celebrações religiosas.
A arte foi o meio visual para o exercício da dominação ideológica e para a transmissão das principais mensagens religiosas. Os engenheiros e construtores de pirâmides passaram a construir igrejas. Os qualificados escultores de cerâmicas começaram a talhar a madeira para fazer imagens católicas. Os pintores começaram a estudar os costumes das escolas europeias para a elaboração de pinturas de temática Cristiana.
As pinturas foram o meio mais importante para a catequização, e nelas podemos ver como se plasmaram estas crenças sincréticas. Os maiores deuses andinos foram substituídos pela Santíssima Trindade, e os deuses menores, pelos santos. A Virgem, a Pachamama para os indígenas, adota a forma de Apu, morro tutelar das comunidades andinas, que eram as “ huacas” ou lugares sagrados. Os Arcanjos Arcabuzeiros foram incorporados facilmente às imagens religiosas, já que eram comparáveis as aves guerreiras, antigas divindades andinas.
Junto ao sincretismo religioso e artístico, também existiu o político. A realeza inca foi reconhecida pelos reis espanhóis em troca de sua fidelidade. A Capac Cuna, ou lista oficial dos governantes incas, foi reconstruída e incorporada como um antecedente ao novo governo espanhol no território conquistado.