Em 1926, com a idade de 25 anos Rafael Larco Hoyle fundou o Museu Larco. Com a ajuda do seu pai, conseguiu adquirir várias coleções arqueológicas da costa norte, reunindo aproximadamente 45.000 peças.
Ao organizar as peças para o novo museu, Larco entendeu que muitas delas não podiam ser relacionadas às culturas descobertas até então.
Diante da insuficiência da informação arqueológica dos anos vinte, investiga e escava cientificamente lugares arqueológicos.
Esta investigação o leva a descobrir importantes culturas como Cupisnique, Salinar, Viru, Lambayeque. Larco se converte no grande descobridor cientifico da cultura Mochica.
Para 1946, Rafael Larco propõe o primeiro ordenamento cronológico das culturas da costa norte.
Seu grande conhecimento da agronomia e do comportamento climático o levou ao estudo das capas estratigráficas identificadas em suas escavações.